Las noches de la peste nos sitúa en la isla imaginaria de Minger, el estado número 29 del Imperio otomano, ubicada en algún lugar del Mediterráneo entre Creta y Chipre. Corre el año 1901 y una epidemia de peste ha llegado a la isla, donde imperan las tensiones entre ortodoxos y musulmanes. Es la tercera pandemia de la peste bubónica que dio comienzo en China y mató a millones de personas en toda Asia. El inspector jefe de sanidad es enviado por el sultán a la isla para corroborar el brote de peste y contener la plaga. Pero la enfermedad se propaga, y se declaran estrictas medidas de cuarentena: deben incinerarse los bienes de los infectados, tapiarse comercios y hogares, cesar toda actividad laboral y confinar a las familias. La incompetencia del gobernador y la administración local, la negativa del pueblo a respetar las prohibiciones y la resistencia de la población musulmana a la cuarentena provocan que la enfermedad se propague, haciendo que el recuento de muertos no pare de incrementarse.